Está claro que el principal interés que despierta esta iglesia es que en su interior se halla la escultura del famoso Moisés de Miguel Ángel. Para poder contemplarla tranquilamente sin aglomeraciones te recomendamos que intentes programar tu visita a primera hora del día.

El Moisés está situado delante de la tumba inacabada del Papa Julio II. Cuando el Papa encargó a Miguel Ángel la construcción de su tumba, éste se pasó 8 meses buscando bloques de mármol en Carrara, pero pronto el Papa le pidió que se centrara en otros proyectos. De  este modo, Miguel Ángel abandonó esta obra para centrarse en pintar el techo de la Capilla Sixtina. Cuando esto ocurrió, tan sólo había terminado las estatuas del Moisés, la Victoria y las de Los Esclavos Moribundos, alusivos a las ataduras de la vida humana que ahora se encuentran en París y Florencia. 

El proyecto original de Miguel Ángel era una enorme estructura con más de 40 esculturas que se colocaría bajo la cúpula de San Pedro del Vaticano. Pero el proyecto fue reduciéndose sobre todo por motivos económicos, ya muerto el pontífice, Miguel Angel lo diseña como un sepulcro adosado. 

El estatua del Moisés fue esculpida de una sola pieza de mármol de Carrara entre 1513 y 1516. Esta imagen de Moisés tras volver del Monte Sinaí con las Tablas de la Ley está hecha a gran escala y tiene una fuerza increíble. Capta el instante en que Moisés vuelve la cabeza y va a levantarse, lleno de furia ante la infidelidad de su pueblo. Su ceño fruncido muestra el enfado tras verles adorando al becerro de oro. Y los dos cuernos de su cabeza deberían ser en realidad dos haces de luz, producto de una mala traducción del hebreo del Antiguo Testamento. El artista sugiere el movimiento en potencia; los músculos están en tensión, pero no hay movimiento en acto.  El modelado es perfecto; Miguel Angel ha tratado el mármol, su material predilecto, como si fuera la más dócil plastilina. El estudio anatómico es de un naturalismo asombroso. Las ropas caen en pliegues donde juegan luces y sombras dando a la figura volumen. Si prestas atención a las rodillas del Moisés, podrás ver un pequeño rasguño que se dice que provocó Miguel Ángel al lanzar una herramienta contra la escultura. 

El Moisés está flanqueado por las estatuas de Lía y Raquel, las dos esposas de Jacob, que representan la que representan la vida contemplativa y la vida activa. Se cree que fueron terminadas por alguno de los alumnos de Miguel Ángel, posiblemente Raffaele da Montelupo.

Algunos han querido ver en el Moisés un retrato idealizado del propio escultor o del Papa Julio II.

Además del Moisés, esta iglesia cuenta también con el atractivo de poseer una reliquia muy apreciada. Se trata de las cadenas de San Pedro, que se encuentran debajo del altar mayor. Cuenta la leyenda que las cadenas que San Pedro llevó en sus dos encarcelamientos en Jerusalén y Roma, cuando se colocaron una junto a la otra, se fusionaron milagrosamente. Cuando esto ocurrió, fue la emperatriz Eudoxia quien mandó construir la iglesia para, precisamente, albergar en su interior estas cadenas.